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薬剤師の残業代が出ないのは違法?管理薬剤師と固定残業代の線引き|現役管理薬剤師

2026 9/24
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職場・働き方
2026年6月20日2026年9月24日

残業しているのに、給与明細の残業代が0円。薬剤師だからといって、それが許されるルールはありません。働いた時間外の分が払われていないなら、原則として労働基準法違反です。

ややこしいのは「管理薬剤師だから出ない」「固定残業代に含まれている」と言われたときです。管理薬剤師という肩書きは薬機法上の役割で、残業代が要らない「管理監督者」とは別物です。固定残業代にも、決められた時間を超えた分は別に払うという線があります。

僕はドラッグストア併設の調剤で月45時間残業していた時期があり、いまは管理薬剤師としてスタッフのシフトを組む側にいます。この記事では、自分のケースが違法かどうかの見分け方と、請求するなら何をどの順番でやるかを、厚労省の通達や判例を元にまとめました。

最初に結論
  • 残業代ゼロは原則として違法
  • 例外は管理監督者と固定残業代
  • 管理薬剤師=例外ではない
  • みなし残業も超過分は別払い
  • 時効は3年・証拠が先
  • 職場を変える選択もある
この記事を書いた人
  • 調剤4年→DS2年→調剤4年
  • いまは管理薬剤師(34歳)
  • 転職を3回経験し、うち2回は失敗。
  • 3回目で年収480万→610万にアップ
  • 人気転職エージェント5社を全部利用

「同じ失敗をしてほしくない」という思いで、薬剤師のリアルを本音で書いてます。

詳しい筆者の経歴はこちら

詳細記事:薬剤師ブログ|転職で2回やらかした僕が年収130万上げた話

管理薬剤師たろう
管理薬剤師たろう
目次

薬剤師の残業代が出ないのは違法?結論は原則アウト

働いた残業時間に対して残業代が払われていないなら、労働基準法違反です。正社員でもパートでも派遣でも同じで、薬剤師を除外する規定はありません。

法律で決まっている労働時間の上限は、1日8時間・週40時間です(労働基準法32条)。これを超えて働かせたら、会社は割増賃金を払わなければなりません(同37条)。「うちは残業代を出さない方針」は、方針として成り立たないんです。

割増賃金の支払いは会社の義務

割増率は法律で下限が決まっています。

働き方割増率
時間外(8時間・40時間超)25%以上
時間外が月60時間を超えた分50%以上
法定休日の出勤35%以上
深夜(22時〜5時)25%以上を上乗せ

月60時間超の50%は、中小企業にも2023年4月から適用されています(厚生労働省リーフレット)。閉店後の品出しや発注、薬歴の入力も、会社の指示で残っているなら時間外労働です。

「自主的に残っただけ」は通らない

残業代を払わない側がよく使う言い分は、だいたい次のようなものです。

  • 自分から残っただけ
  • 残業を申請していない
  • 準備や片付けは仕事じゃない
  • 研修だから時間外ではない

厚労省のガイドラインでは、労働時間は「使用者の指揮命令下に置かれている時間」です。はっきりした指示がなくても、黙示の指示で業務をしていれば労働時間に当たります。指示された準備や後片付け、参加が義務の研修も同じ扱いです(労働時間の適正な把握のためのガイドライン)。

定時で終わらない量の業務を任されていて、上司もそれを知っている。こういう状態なら「自主的」とは言いにくいです。タイムカードを定時で押させてから作業を続けさせる運用は、記録と実態がずれている時点で問題があります。

未払い額をざっくり計算する

いくら請求できそうかは、次の順で見当がつきます。

  1. 月給を月の所定時間で割る
  2. その時給に1.25を掛ける
  3. 残業時間を掛ける

仮の数字で計算してみます。月給35万円、月の平均所定労働時間が160時間なら、1時間あたり約2,188円。割増後は約2,734円です。月20時間の残業が丸ごと未払いなら月約5.5万円、3年分で約197万円になります。

月給には、家族手当・通勤手当・住宅手当など計算から外す手当があります(労働基準法施行規則21条)。管理薬剤師手当のような役職手当は、原則として計算に入る側です。正確な額は、給与明細と就業規則を持って専門家に計算してもらうのが確実です(東京労働局「しっかりマスター 割増賃金編」)。

薬剤師の残業代が出なくても違法じゃない3つの例外パターン

一方で「残業代ゼロ=即違法」と決めつけるのも危ないです。合法的に残業代が出ない、または別の形で払われているパターンが3つあります。

残業代が出ない合法ケース
  • 管理監督者に当たる場合
  • 固定残業代に含まれている場合
  • 法定の時間内に収まる場合

管理監督者は残業代の対象外

労働基準法41条2号の「管理監督者」は、時間外と休日の割増賃金の対象外です。経営者と一体と言えるほどの権限と待遇を持つ人を指します。

ただし、深夜割増だけは管理監督者にも払う必要があります。管理薬剤師がこの管理監督者に当たるかは、次の章で詳しく見ます。

固定残業代(みなし)に含まれてる

給料にあらかじめ一定時間分の残業代を含める「固定残業代(みなし残業)」という払い方があります。たとえば「月30時間分込み」なら、30時間までは追加の残業代が出なくても違法ではありません。

大事なのは、固定分を超えた残業は別に払う義務があることです。30時間込みの契約で40時間働いたら、超えた10時間分は上乗せされていないとおかしい。「みなしだから何時間残っても同じ」は誤りです。

厚労省は、固定残業代を採用する会社に対して、求人票に次の3点を書くよう求めています(厚生労働省リーフレット)。

  1. 固定残業代を除いた基本給
  2. 何時間分でいくらか
  3. 超えた分は追加で払うこと

薬剤師そのものが当事者になった最高裁判例もあります。薬局に勤めていた薬剤師が残業代を請求し、会社が払っていた「業務手当」が残業代に当たるかが争われた日本ケミカル事件です(最高裁平成30年7月19日判決)。

最高裁は、契約書や採用条件確認書に「みなし時間外手当」と書かれていたこと、実際の残業時間と大きくずれていないことなどから、業務手当の支払いは残業代の支払いに当たると判断しました。判断のしかたは、契約書の記載、会社の説明、実際の勤務状況を合わせて見るというものです。

つまり、手当の名前が「業務手当」でも、書類で残業代だと示されていれば固定残業代として扱われることがあります。雇用契約書や採用時の書類で、手当の説明を一度確認しておいてください。

そもそも残業に当たらないケース

見落とされがちなのが、1日8時間・週40時間の枠内に収まっている場合です。1日7時間勤務の人が1時間延びても、8時間以内なら法律上の割増は発生しません。就業規則で別の定めがあれば、それに従います。

ただ、割増が付かなくても、延びた1時間分の通常の賃金は払われる必要があります。まずは雇用契約書で、所定労働時間と固定残業代の有無を確認するのが判断のスタートです。

管理薬剤師は残業代なし?管理監督者に当たるかの判断基準

「管理薬剤師になったから残業代は出ない」と言われることがあります。先に答えると、管理薬剤師という立場だけで残業代がなくなることはありません。

管理薬剤師と管理監督者は別物

管理薬剤師は、薬機法で薬局ごとに置くことが決められた「薬局の管理者」です(医薬品医療機器等法7条)。医薬品の管理や従事者の監督など、薬事の責任を負う役割です。

一方、残業代が要らない管理監督者は労働基準法の話です。厚労省の通達では「労働条件の決定その他労務管理について経営者と一体的な立場にある者」とされ、名称ではなく実態で判断されます。法律も目的も違うので、片方に当たるからもう片方にも当たる、という関係ではありません。

厚労省通達のチェック項目

チェーン展開する小売業・飲食業の店長について、厚労省は2008年に判断要素を整理した通達を出しています(基発第0909001号)。店長が管理監督者として扱われ、残業代が払われない「名ばかり管理職」が問題になったためです。ハンバーガーチェーンの店長を管理監督者ではないとした日本マクドナルド事件(東京地裁平成20年1月28日判決)も、この流れの中の裁判例です。

調剤薬局もチェーン展開の会社が多いので、この通達の項目がそのまま参考になります。当てはまるほど、管理監督者ではない方向に傾きます。

管理監督者を否定する要素
  • パートの採用に権限がない
  • 部下の解雇に関与しない
  • 部下の人事考課をしない
  • 勤務表を作る権限がない
  • 遅刻・早退で減給される
  • 欠員を自分で埋めている
  • 時給換算がパート以下

特に重いのは、時給換算した額がパートやアルバイトを下回るケースです。最低賃金を下回れば「極めて重要な要素」とされています。逆に、これらに当てはまらなくても、それだけで管理監督者と認められるわけではない、と通達自身が書いています。

管理薬剤師の実務に当てはめる

僕の職場での管理薬剤師の仕事を例に、通達の項目と並べてみます。通常の調剤に加えて、発注と在庫・期限の管理、薬歴の監査、スタッフのシフト作成と教育、応募者の一次面接、本部への数字の報告。新人が辞めれば、その穴は自分のシフトで埋まります。

求人を出すときも、店から本部へ上げるのは欠員の理由・希望の勤務時間帯・常勤かパートか、の3点だけです。求人原稿は本部が作り、店に書き換える権限はありません。一次面接はしても、条件や最終的な採否をどこまで決められるかは会社によって違います。

こうして並べると、管理薬剤師の仕事は「店の薬事の責任者」であって、「経営者と一体の立場」とは中身がかなり違います。管理薬剤師手当(僕の周りでは月3〜5万円くらい)が付いていても、残業代が出ないことに見合う待遇かは別に見られます。

自分がどちらに当たるかは、最終的には労基署や弁護士、裁判所の判断です。「管理薬剤師だから」と言われたら、上の項目を1つずつ自分の実態と照らしてみてください。

管理薬剤師たろう

肩書きより、採用やシフトを実際に誰が決めているかで見られます。

なぜ薬剤師の職場は残業代が出ないのか

薬局やドラッグストアで未払いが起きやすいのには、現場ならではの理由があります。

閉店後の業務は労働時間になりにくい

調剤もドラッグストアも、患者さんがいなくなってから片付ける仕事があります。薬歴の入力、発注、レセプトの確認、期限切れのチェック。これが営業時間の外にずれ込みやすいんです。

この裏方の作業を、会社が労働時間として数えていないことがあります。本来は立派な業務なので、残業代の対象です。薬歴が毎日残ってしまう人は、薬歴が終わらない原因と見直し方も参考にしてください。

人手不足で定時に終わらない量

人が足りず、そもそも定時で終わる仕事量になっていない職場もあります。一人薬剤師の店舗だと、休憩すらまともに取れないこともある。休憩中に電話番をしていた時間は、休憩ではなく労働時間として見る部分です。

残業が当たり前の職場は、1日の拘束時間も長くなりがちです。縛られている時間そのものが長いと感じるなら、拘束時間が長い職場の特徴も合わせて見ておくと、働き方を見直す材料になります。残業時間そのものを減らす工夫は薬剤師の残業を減らす方法にまとめています。

月45時間残業していた薬剤師の僕が、いま振り返って思うこと

28歳で新卒の調剤薬局からドラッグストア併設の調剤に移りました。年収は550万円に上がりましたが、残業は月45時間。調剤をして、OTCの接客をして、レジを打って品出しをする。週の半分は遅番で、閉店後の品出しで夜10時になる日もありました。

お金は増えたのに、使う時間も気力も残っていない。暗い部屋で「俺、何のために年収上げたんだっけ」と考えた夜のことは、今もはっきり覚えています。結局そこは2年で辞めました。

月45時間は36協定で認められる時間外労働の原則の上限と同じ数字です(労働基準法36条4項)。特別な事情があれば超えられる仕組みもありますが、毎月その水準が続くのは、制度の上でも「上限いっぱい」の働き方ということになります。

いまはシフトを組む側になって、45時間という数字の重さがよく分かります。残業代がきちんと出ていても、その働き方が続けば体がもたない。残業代が出ていないなら、なおさら早く手を打ったほうがいいと思っています。

薬剤師の残業代が出ないときに今日からやるべきこと

違法っぽいと思ったら、感情的に会社とぶつかる前に準備をします。やることは次の順番です。

やることの順番
  1. 労働時間の証拠を残す
  2. 契約書で固定残業を確認
  3. 時効の3年を意識する
  4. 無料の窓口に相談する
  5. 職場を変えるか決める

労働時間の証拠を集める

請求できるかどうかは、何時から何時まで働いたかを示せるかで大きく変わります。残しておきたいのは次のようなものです。

  • タイムカードの写し
  • シフト表・勤務表
  • 業務連絡の送信時刻
  • 店の鍵の開閉記録
  • 毎日の出退勤メモ
  • 給与明細・雇用契約書

自分のメモは、その日のうちに「出勤・退勤の時刻と、残ってやった業務」を書くのが基本です。あとからまとめて作ったものは弱くなります。

薬局ならではの注意点もあります。電子薬歴やレセコンには入力した時刻が残りますが、その画面を撮影して持ち出すのはやめてください。患者さんの個人情報を職場の外に出すことになります。こうした記録は会社側が持っているので、請求の段階で開示を求めるのが筋です。

時効は3年・早く動くほど取り戻せる

未払い賃金を請求できる期間は、2020年4月1日以降に支払われる賃金から3年になりました(以前は2年。厚生労働省リーフレット)。

給料日ごとに、3年前の分から順に請求できなくなっていきます。辞めたあとでも3年以内の分は請求できますが、在職中のほうが記録は集めやすいです。

相談は無料窓口→弁護士の順

いきなり会社とやり合う前に、まず外に相談して自分のケースの見立てを持つのがおすすめです。

  1. ほっとラインで相談する
  2. 労働基準監督署に行く
  3. 弁護士に請求を依頼する

厚労省の委託事業「労働条件相談ほっとライン」(0120-811-610)は無料・匿名で使えます。受付は平日17時〜22時、土日祝9時〜21時なので、仕事終わりにも電話できます。

労働基準監督署は、法律違反があれば会社に是正を指導する役所です。証拠を持って行くと話が早く進みます。ただ、あなたの代わりに金額を交渉して取り立ててくれる機関ではありません。

金額が大きい、会社が支払いを拒んでいる、管理監督者かどうかで争いになりそう。こういう場合は、労働問題を扱う弁護士に相談して、交渉や労働審判を任せるのが現実的です。

請求が現実的でないなら環境を変える

在職中に請求するのは、人間関係の面でかなりしんどいです。働き続けながら会社と争って、体を壊したら本末転倒です。

「過去の分は取り戻したいけど、ここで働き続けるのはもう無理」なら、転職先を決めてから辞め、時効の3年以内に請求する順番もあります。サービス残業が当たり前の職場は、一人が頑張っても変わりにくいのが実情です。

次の職場を選ぶときに気をつけたいのが、求人票の残業時間です。僕はいま、欠員が出たときに求人を出してもらう側にいますが、上がってきた求人原稿を見て「うちの残業はこんなに少なくない」と思ったことがあります。原稿は本部が作るので、店の実態とずれることがあるんです。

だから求人票の数字だけで決めず、固定残業代の3点表示があるか、直近の残業時間の実績はどうかを確認してください。僕が3回目の転職で失敗しなかったのは、応募前に必ず職場見学を入れて、職場の空気を自分の目で見たからでした。

働きながらこうした確認をするなら、転職エージェントに「残業時間の実績」と「固定残業代の有無・時間数」を聞いてもらう使い方ができます。たとえばファゲットは、薬剤師専門の転職エージェントで、登録は無料です。僕自身は使っていないので、聞いてほしいことを最初に伝えて、答えの具体さで担当を見極めてください。

【無料登録】ファゲット公式サイト

エージェントには合う・合わないがあるので、ほかの会社も含めた選び方は薬剤師転職エージェントのおすすめランキングにまとめています。自分の年収が相場と比べてどうかは薬剤師10年目の年収明細の記事も参考にどうぞ。

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薬剤師の残業代に関するよくある質問

残業代まわりで迷いやすい点をまとめました。

管理薬剤師は残業代が出ないのが普通ですか?

普通ではありません。管理薬剤師は薬機法上の役割で、労働基準法の管理監督者とは別です。採用・人事考課・勤務表の権限や待遇の実態がなければ、残業代の支払い対象になります。

管理薬剤師手当があれば残業代は出なくていいのですか?

手当があるだけでは決まりません。その手当が残業代だと契約書などで示されているか、実際の残業時間に見合う額かで判断されます。役職手当なら、むしろ残業代の計算の基礎に入るのが原則です。

みなし残業なら何時間働いても同じですか?

違います。固定残業代の時間を超えた分は、別に払う義務があります。月30時間込みで40時間働いたら、超えた10時間分は上乗せされていないとおかしいです。

閉店後の品出しや在庫整理も残業になりますか?

会社の明示または黙示の指示でやっているなら労働時間です。タイムカードを定時で押してから作業させる運用は、記録と実態がずれている時点で問題があります。

パートや派遣でも残業代は請求できますか?

できます。雇用形態に関係なく、1日8時間・週40時間を超えて働けば割増賃金の対象です。派遣の場合、支払うのは派遣元の会社です。

「自主的に残ってるだけ」と言われたら諦めるしかない?

諦める必要はありません。定時で終わらない量の業務を任されていれば、黙示の指示があったと見られる余地があります。何時から何時まで何の業務をしたか、記録を残しておくのが大事です。

未払い残業代の時効はどのくらいですか?

2020年4月1日以降に支払われる賃金は3年です(以前は2年)。古い分から順に請求できなくなるので、気づいたら早めに動いたほうが取り戻せる額は増えます。

辞めたあとでも請求できますか?

時効の3年以内の分なら請求できます。ただ、タイムカードやシフト表は在職中のほうが集めやすいので、辞める前に手元の記録を整えておくのがおすすめです。

会社に直接言うのが怖いです。どこに相談できますか?

厚労省の「労働条件相談ほっとライン」(0120-811-610)は無料・匿名で、平日夜や土日も受け付けています。会社への指導を求めるなら労働基準監督署、金額の交渉まで任せたいなら労働問題を扱う弁護士です。

残業代がちゃんと出る職場はどう見分ければいい?

求人票で固定残業代の3点表示(除いた基本給・時間数と金額・超過分の追加払い)を確認し、直近の残業時間の実績を聞くことです。応募前の職場見学で、働いている人の様子を見るのも有効です。

まとめ:薬剤師の残業代ゼロは原則違法、知らないと損する

残業しているのに残業代が出ないのは、原則として違法です。例外はありますが、「管理薬剤師だから」「みなしだから」という会社の言い分をそのまま受け入れると損をします。

この記事のまとめ
  • 残業代ゼロは原則として違法
  • 例外は管理監督者と固定残業代
  • 管理薬剤師は実態で判断
  • 固定残業の超過分は別払い
  • 時効は3年・記録は今日から
  • 無理なら職場を変えてもいい

まずは雇用契約書と給与明細を出して、所定労働時間と固定残業代の有無を確かめてください。そのうえで今日から出退勤の記録を残し、ここで請求するのか、職場を変えるのかを決めればいいと思います。時間と体力は、年収の数字よりずっと取り戻しにくいものなので。

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この記事を書いた人

管理薬剤師たろうのアバター 管理薬剤師たろう

調剤薬局4年→ドラッグストア2年→調剤薬局4年(現在は管理薬剤師)。転職を3回経験し、うち2回は失敗しました。3回目でようやく年収を480万円→610万円に上げられた、しくじり多めの薬剤師です。転職活動では薬剤師向けエージェントを5社すべて実際に使って比較しました。薬学部6年制卒・薬剤師国家試験は1発合格。「同じ失敗をしてほしくない」という思いで、薬剤師転職のリアルな失敗談と成功談を本音で発信しています。

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管理薬剤師たろう

管理薬剤師たろう

薬剤師歴10年・34歳。調剤→ドラッグストア→調剤と転職3回(うち2回失敗)、年収は480→610万に。エージェント5社を使い倒した実体験を発信しています。

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