薬剤師の確定申告は必要？掛け持ち・副業など6ケース｜市販薬・研修費の扱いも

会社員の薬剤師は、基本的に年末調整で税金の精算が終わるので、確定申告はいりません。ただし医療費控除・住宅ローン控除の1年目・6団体以上のふるさと納税は、年末調整では処理できません。自分で申告すると、払いすぎた税金が戻ってきます。

逆に、申告しないといけないのが副業の所得が20万円を超えた人です。薬剤師の場合は、パートの掛け持ちや単発派遣で「2か所から給与をもらっている」ケースも要注意です。

この記事では、どのケースで申告が必要か、年末調整で済む控除はどれか、薬剤師だからこそ迷いやすい市販薬や研修費の扱いまで、国税庁の資料をもとに整理します。

会社員薬剤師でも確定申告が必要・得になる6つのケース

6つのうち、④と⑤は申告しなければいけないケースです。①②③⑥は、申告すると税金が戻る（または控除が受けられる）ケースです。

①医療費控除：家族で年10万円超

自分と、生計を一にする家族の医療費を合わせて、年10万円を超えたら対象です。総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく所得の5%を超えた分が対象になります。

医療費控除は年末調整では受けられないので、確定申告が必要です。出産や入院、歯の治療があった年は一度合計してみる価値があります。計算の仕方は医療費控除の章で詳しく書きます。

②住宅ローン控除の1年目

住宅ローン控除は、最初の年だけ確定申告が必要です。2年目以降は、税務署から届く証明書と金融機関の残高証明書を勤務先に出せば、年末調整で控除されます（国税庁「住宅借入金等特別控除の手続」）。

戻ってくる額は、借入残高・入居した年・住宅の性能で大きく変わります。金額は国税庁の作成コーナーで入力して確認するのが確実です。

③ふるさと納税が6団体以上

ワンストップ特例が使えるのは、確定申告をしない給与所得者で、寄附先が5団体以内の人です。6団体以上に寄附した年は、確定申告で寄附金控除を受けます。

もう一つの落とし穴が、医療費控除などで確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は無効になることです。その場合は、ふるさと納税の寄附もすべて確定申告に書き込みます（総務省の案内）。

④副業の所得が年20万円超

給与を1か所から受け取っていて、給与以外の所得が年20万円を超える人は、確定申告が必要です（国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」）。ブログの広告収入、原稿料、講演の謝金などがここに入ります。

基準は売上ではなく、経費を引いたあとの「所得」です。20万円以下で所得税の申告がいらない場合も、住民税の申告は別に必要なので、お住まいの市区町村に確認してください。

管理薬剤師は、薬機法の決まりで副業の中身そのものに制約があります。先に管理薬剤師の副業で確認しておくと安心です。

⑤掛け持ち・単発派遣の給与

薬剤師で見落としやすいのがここです。平日は常勤、休日に別の薬局でパートや単発派遣をしているなら、給与を2か所以上から受け取っていることになります。

年末調整をしてもらえるのは、扶養控除等申告書を出した1か所だけです。年末調整されなかった給与と、それ以外の所得の合計が20万円を超えたら、確定申告が必要です（国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」）。

サブの職場の給与は、高めの税率で源泉徴収されていることがあります。申告すると1年分がまとめて計算し直されるので、税金が戻る人も、追加で納める人もいます。源泉徴収票は勤務先ごとに必ずもらっておきましょう。

⑥年の途中で辞めた年

年の途中で退職して、その年のうちに再就職しなかった場合は、年末調整を受けられません。毎月の給与から引かれた所得税は多めになっていることが多いので、確定申告で精算すると戻ってくる可能性があります。

年内に転職した場合の手続きは、転職・退職した年の章にまとめました。

薬剤師の控除は年末調整で済むものと確定申告が必要なものに分かれる

控除ごとの手続き早見表

「確定申告をしないと節税できない」と思われがちですが、年末調整で済む控除もあります。会社員の薬剤師がよく使う控除を分けると、次のとおりです。

控除	手続き
iDeCo	年末調整でOK
生命保険料控除	年末調整でOK
配偶者・扶養控除	年末調整でOK
住宅ローン控除	1年目だけ申告
ふるさと納税	5団体以内なら ワンストップ
医療費控除 セルフメディケーション	確定申告
特定支出控除	確定申告

年末調整で済む控除でも、書類を出し忘れたら確定申告で取り戻せます。還付を受けるための申告は、対象の年の翌年1月1日から5年間出せます（国税庁「還付申告」）。

基礎控除の改正と年末調整

令和7年分から基礎控除と給与所得控除が見直されました。給与収入で所得税がかかり始める額は、2025年分で160万円、2026・2027年分で178万円です。配偶者控除を受けられる配偶者の給与収入の上限も、123万円（2025年分）、136万円（2026・2027年分）に上がりました。

この改正は年末調整に反映されるので、会社員なら改正のためだけに確定申告をする必要はありません。配偶者がパート薬剤師として働いている家庭は、年末調整の申告書に書く配偶者の見込み収入を確認しておきましょう（出典：国税庁「令和7年度税制改正による基礎控除の見直し等」「源泉所得税の改正のあらまし（令和8年4月）」）。

パートの働き方と扶養の線は、手取り早見表とあわせて見ると具体的にイメージしやすいと思います。

申告でワンストップは無効

いちばん多い失敗がこれだと思います。ふるさと納税をワンストップ特例で申請したあと、医療費控除のために確定申告をすると、ワンストップ特例は使われません。

確定申告書に寄附を書き忘れると、寄附金控除そのものが受けられなくなります。自治体から届いた受領証明書は、ワンストップを申請した分も含めて全部とっておきましょう。

薬剤師が知っておきたい医療費控除とセルフメディケーション税制

家族合算で10万円を超える

医療費控除の額は「支払った医療費－保険などで補てんされた額－10万円（または所得の5%）」で、上限は200万円です（国税庁「医療費控除」）。

自分だけでなく、生計を一にする配偶者や子どもの医療費も合算できます。共働きの場合は、所得税率の高い人がまとめて申告したほうが戻る額は大きくなります。

申告には領収書ではなく「医療費控除の明細書」を付けます。健康保険の医療費通知を使うと入力の手間が減ります。領収書は提出しなくても、5年間は保管しておく必要があります。

市販薬は治療目的なら対象

ドラッグストアで買った市販薬も、治療や療養のための医薬品なら医療費控除の対象です。風邪をひいて買った風邪薬などが当てはまります。

一方で、ビタミン剤のように病気の予防や健康増進のために使うものは対象外です（国税庁「医療費控除の対象となる医療費」）。同じ商品でも、何のために使ったかで扱いが変わる点がややこしいところです。

薬剤師なら、家族のレシートを見て「これは治療目的」「これはサプリ扱い」と仕分けできるのが強みです。窓口で患者さんに聞かれたときも、この基準で説明できると思います。

セルフメディケーション税制

対象の市販薬（スイッチOTCなど）の購入額が年1万2,000円を超えたら、超えた分を控除できる制度です。控除の上限は8万8,000円で、申告する本人が健康診断や予防接種などを受けていることが条件です（国税庁「セルフメディケーション税制」）。

通常の医療費控除とはどちらか一方しか選べません。あとから切り替えることもできないので、両方で計算して額が大きいほうを選びます。

対象品はレシートの表示や識別マークで確かめられます。厚生労働省は、2027年1月からOTC検査薬や薬局製造販売医薬品などに対象を広げると案内しています（厚生労働省）。

通院の交通費も対象

通院のための電車・バス代は医療費控除に入れられます。タクシー代は、電車やバスが使えない場合を除いて対象外です。自家用車のガソリン代や駐車場代も入りません（国税庁「医療費控除の対象となる医療費」）。

薬剤師の研修費・認定の費用は特定支出控除になる？

研修認定薬剤師の単位を取るための研修費や、専門資格の取得費は、会社員でも「特定支出控除」の対象になる可能性があります（国税庁「特定支出控除」）。

ただ、使える人はかなり限られます。条件は次の3つです。

• 職務に直接必要な支出
• 会社が負担していない
• 勤務先の証明がある

さらに、特定支出の合計が給与所得控除額の2分の1を超えた部分しか控除されません。年収600万円なら給与所得控除は164万円なので、82万円を超えてはじめて効いてきます。研修費だけでここを超えるのは現実的ではないと思います。

研修費は、まず会社が負担してくれるかを確認するほうが近道です。会社負担の研修費はそもそも自分の出費にならないので、職場選びの比較項目に入れてよい部分だと思います。

薬剤師のiDeCoは年末調整で節税できる

iDeCoの仕組みと上限

iDeCo（個人型確定拠出年金）は、自分で掛金を出して運用する年金です。掛金は全額が所得控除になり、会社員なら掛金の証明書を勤務先に出せば年末調整で控除されます。

企業年金のない会社員の掛金の上限は、現在は月2.3万円です。2026年12月の掛金からは、企業年金と合わせて月6.2万円に引き上げられます（厚生労働省「2025年の制度改正」）。勤務先の企業年金の有無で使える枠が変わるので、自分の区分を確認してください。

節税額は税率で決まる

節税額は「掛金×（所得税率＋住民税10%）」でざっくり計算できます。課税所得が195万円超330万円以下なら所得税率は10%です。月2.3万円（年27.6万円）を出すと、所得税と住民税で年約5.5万円軽くなる計算です（復興特別所得税を除く）。

年収が同じでも、扶養家族や社会保険料で課税所得は変わります。源泉徴収票の数字で自分の税率を確かめてから掛金を決めるのが確実です。

iDeCoのデメリット

節税になる一方で、iDeCoには向かない人もいます。始める前に次の点を押さえておいてください。

• 原則60歳まで引き出せない
• 運用次第で元本割れもある
• 口座管理の手数料がかかる
• ふるさと納税の上限が下がる

子どもの教育費や住宅資金など、60歳より前に使うお金には向きません。掛金を増やすと課税所得が減るので、ふるさと納税の上限もそのぶん下がります。

薬剤師のふるさと納税は上限の確認と申告方法がポイント

上限は源泉徴収票で試算

全額控除される寄附額の上限は、年収だけでなく、家族構成や社会保険料、ほかの控除で変わります。ネットの「年収別の目安」は前提が合わないことがあるので、源泉徴収票の数字で試算するのが確実です。

ふるさと納税の控除上限は、年収だけでなく家族構成や各種控除でも変わります。iDeCoや医療費控除、住宅ローン控除を使う年は、その条件も含めて確認してください。

自己負担2,000円の仕組み

上限の範囲内なら、寄附額から2,000円を引いた分が所得税と住民税から控除されます（総務省「税金の控除について」）。返礼品の価値から2,000円を引いた分が、実質的な得になると考えるとわかりやすいです。

税金が安くなるというより、住民税の前払いに近い仕組みです。上限を超えた分は控除されず、ただの寄附になるので注意してください。

薬剤師が転職・退職した年の確定申告で見落としやすいポイント

前職の源泉徴収票を出す

年の途中で転職したら、前の職場の源泉徴収票を新しい職場に出します。そうすると、前職の分もまとめて新しい職場で年末調整してもらえます。

出し忘れた場合や、源泉徴収票が年末調整に間に合わなかった場合は、自分で確定申告して精算します。退職時に源泉徴収票をもらえていなければ、前の職場に発行を依頼しましょう。

年内に再就職しなかった

退職したあと年内に働き始めなかった場合は、年末調整がないので確定申告で精算します。払いすぎた所得税が戻ってくることが多いケースです。

雇用保険の基本手当（失業保険）や再就職手当は非課税なので、収入に含めません。退職前後の手続きは失業保険・有給消化の記事にまとめています。

退職金は原則申告不要

退職金は、退職所得控除を引いた残りの2分の1に課税されるので、給与より税負担が軽くなります。退職時に「退職所得の受給に関する申告書」を出していれば、源泉徴収で精算が終わり、確定申告はいりません。

この申告書を出していないと、退職金から一律20.42%が源泉徴収されます。その場合は確定申告をすると、多く引かれた分が戻ります。

薬剤師の確定申告のやり方と期限

確定申告の期間は、原則として翌年2月16日から3月15日です（土日祝日の場合は翌平日）。2026年分なら2027年2月16日〜3月15日になります。還付を受けるだけの申告なら、翌年1月から5年間出せます。

①作成コーナーで作る

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」なら、画面の質問に答えるだけで申告書ができます。事前にそろえておくものは次のとおりです。

• 勤務先ごとの源泉徴収票
• 医療費の明細や医療費通知
• 寄附金の受領証明書
• マイナンバーカード

②e-Taxで提出する

マイナンバーカードがあれば、スマホやパソコンからe-Taxで提出できます。税務署に行く必要がなく、還付も書面より早い傾向があります。印刷して郵送や窓口で出すこともできます。

③税理士に頼むなら

株や暗号資産の取引が多い人、副業の売上と経費が複雑な人は、税理士に頼むのも選択肢です。医療費控除やふるさと納税を足すだけの申告なら、自分で作成コーナーを使うので十分だと思います。

薬剤師の確定申告・節税でよく聞かれる10の疑問

会社員の薬剤師でも確定申告は必要ですか？

1か所から給与をもらい、ほかの所得が20万円以下なら、年末調整で完結するので必要ありません。副業の所得が20万円を超える人や、掛け持ちで2か所から給与をもらっている人は申告が必要になることがあります。医療費控除や住宅ローン控除の1年目は、申告すると税金が戻ります。

年末調整と確定申告は両方必要ですか？

年末調整を受けた人が、医療費控除などを追加するために確定申告をすることはよくあります。その場合、確定申告では年末調整の内容も含めて1年分を計算し直します。源泉徴収票の数字をそのまま入力すれば大丈夫です。

確定申告の期間はいつからいつまでですか？

原則は翌年2月16日〜3月15日です。還付を受けるための申告なら、翌年1月1日から5年間提出できるので、3月を過ぎても出せます。

ドラッグストアで買った薬も医療費控除になりますか？

風邪薬など、治療や療養のために買った医薬品なら対象です。ビタミン剤など予防や健康増進のためのものは対象外です。対象のスイッチOTCなどが多い人は、セルフメディケーション税制と比べて有利なほうを選びます。

医療費控除とセルフメディケーション税制は併用できますか？

併用はできず、どちらか一方を選びます。申告後に切り替えることもできないので、両方で計算してから決めてください。

単発派遣で少しだけ働いた場合も申告が必要ですか？

本業で年末調整を受けていて、年末調整されなかった単発派遣などの給与とほかの所得の合計が20万円以下なら、所得税の申告は不要です。ただし住民税の申告は別に必要なことがあるので、市区町村に確認してください。

ふるさと納税をしたのに医療費控除で申告するとどうなりますか？

ワンストップ特例の申請は無効になります。確定申告書に、ふるさと納税の寄附をすべて書き込んでください。書き忘れると寄附金控除が受けられません。

iDeCoとNISAはどちらを先にやるべきですか？

税金を減らす効果があるのはiDeCoです。掛金が所得控除になるためです。ただし60歳まで引き出せないので、教育費など近いうちに使うお金があるならNISAのほうが動かしやすいです。家計に合わせて配分を決めるのがよいと思います。

副業の住民税を自分で払うことはできますか？

確定申告書の住民税に関する欄で、給与以外の所得の住民税を「自分で納付（普通徴収）」にできます。ただし給与所得の分は対象外です。管理薬剤師は薬機法上、副業の内容に制約があるので、先に確認してください。

研修認定薬剤師の研修費は経費にできますか？

会社員の場合は経費ではなく、特定支出控除の対象になる可能性があります。ただし勤務先の証明が必要で、特定支出の合計が給与所得控除額の2分の1を超えた部分しか控除されません。研修費だけで使える人は少ないと思います。

薬剤師の確定申告と節税のまとめ

会社員の薬剤師は、ほとんどの控除が年末調整で済みます。確定申告が必要になるのは、副業の所得が20万円を超えたときや、掛け持ち・単発派遣で2か所から給与をもらっているときです。

医療費控除、住宅ローン控除の1年目、6団体以上のふるさと納税は、申告すれば税金が戻ります。医療費控除で申告する年は、ワンストップ特例が無効になる点だけは忘れないでください。

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