こんにちは、管理薬剤師のたろうです。年収610万・既婚・長女1人で、毎年確定申告や年末調整で節税してます。年間20〜30万の節税効果は出てる感覚です。
「会社員だから確定申告いらない」「節税は税理士に頼まないと無理」、と思ってる薬剤師多いですが、実は会社員でも確定申告でお金が戻ってくるケースは多いです。
この記事では、僕が毎年やってる5つの節税法と、知らないと損する税の基本を書きます。
節税の話に入る前に一つだけ。年収を上げること自体が一番効く節税策なので、転職を少しでも考えてるなら、5社を実際に使った僕の薬剤師転職エージェントおすすめランキングを先に見てもらえれば、遠回りせずに済むと思います。
- 調剤4年→DS2年→調剤4年
- いまは管理薬剤師（34歳）
- 転職を3回経験し、うち2回は失敗。
- 3回目で年収を480万円→610万円にアップ
- 人気薬剤師向け転職エージェント5社全部利用
「同じ失敗をしてほしくない」という思いで、薬剤師のリアルを本音で書いてます。
詳しい筆者の経歴はこちら
会社員薬剤師でも確定申告した方がいい5つのケース
①医療費控除：家族で年10万円超
家族（配偶者・子・親）の医療費を合算して年10万円超なら確定申告で控除可能。出産・治療・入院があった年は10万円を簡単に超えます。市販薬（セルフメディケーション税制対象品）も含めて記録を残しておくこと。
②住宅ローン控除1年目：会社で不可
住宅ローン控除の1年目は、必ず確定申告が必要。2年目以降は年末調整で済みますが、1年目だけは自分で確定申告を。これだけで20〜40万円の還付が出ます。
③ふるさと納税：特例外なら確定申告
ふるさと納税は5自治体以下ならワンストップ特例で年末調整に組み込めますが、6自治体以上に寄付した場合は確定申告が必要。
あとから気づくと取り返しがつかない部分もあるので、最初に確認しておくのが結局いちばん早いです。僕も後悔した経験があるのでここは強めに言いたいところです。
④副業収入が年20万円超
薬剤師でブログ・投資・株などの副業収入が年20万円超なら確定申告必須。20万円未満でも住民税は申告必要。
ボーナス込みで考えると印象が変わることも多いです。月給だけ見て判断すると後で「あれ？」となるので、年収ベースで比較するのがおすすめです。
⑤転職した年の年末調整漏れ
年の途中で転職した場合、前職の源泉徴収票を新しい職場で年末調整に組み込む必要があります。漏れた場合は確定申告で追加で取り戻せます。
iDeCo：薬剤師の最強節税ツール
iDeCoの仕組み
iDeCo（個人型確定拠出年金）は、自分で運用する年金制度。会社員（企業年金なし）なら月2.3万円までの拠出が全額所得控除になります。
業態によって日々の仕事の中身も結構変わってきます。僕も調剤AからDS-Bに移ったときは、最初の1ヶ月は戸惑うことばかりでした。
年収600万薬剤師の節税効果：年5.5万円
年収600万なら、月2.3万円のiDeCo拠出（年27.6万円）で、所得税＋住民税で年約5.5万円の節税。20年続ければ110万円の節税効果。
ボーナス込みで考えると印象が変わることも多いです。月給だけ見て判断すると後で「あれ？」となるので、年収ベースで比較するのがおすすめです。
iDeCoのデメリット
裏側を補足すると、求人票だけでは見えない事情がいくつかあります。現場に入って初めて分かる部分も多いので、面接や見学で深く聞いておくのがコツです。僕もここで何度か助けられました。
- 60歳まで引き出せない：流動性ゼロ。教育費・住宅資金には使えない
- 運用リスクあり：投資なので元本割れ可能性
- 口座管理料がかかる：金融機関選びが重要（SBI証券・楽天証券が低コスト）
ふるさと納税：年収別の最適額
年収別の上限目安
裏側を補足すると、求人票だけでは見えない事情がいくつかあります。現場に入って初めて分かる部分も多いので、面接や見学で深く聞いておくのがコツです。僕もここで何度か助けられました。
- 年収400万独身：上限約4.2万円
- 年収500万独身：上限約5.6万円
- 年収600万独身：上限約7.0万円
- 年収700万独身：上限約8.4万円
- 年収800万独身：上限約10万円
- ※扶養家族あると上限はやや下がる
返礼品で実質手取り増
自己負担2000円で、寄付額の3割相当の返礼品が手に入る。年収600万なら7万円寄付で約2.1万円相当の返礼品＋住民税2000円減なので、実質1.9万円の手取り増。
ボーナス込みで考えると印象が変わることも多いです。月給だけ見て判断すると後で「あれ？」となるので、年収ベースで比較するのがおすすめです。
医療費控除の活用法
家族合算で10万円のハードルをクリア
医療費控除は「世帯合算」が可能。本人・配偶者・子の医療費を全部合わせて年10万円超なら対象。家族の出産・治療・歯科治療・通院の交通費まで含められます。
セルフメディケーション税制の選択
市販薬（指定OTC）の購入額が年1.2万円超なら、セルフメディケーション税制を選択する手も。家族合算で1.2万円は意外と早く到達。医療費控除との選択制なので、額の大きい方を選ぶ。
交通費も対象
通院の電車・バス代も医療費控除の対象です。タクシー代は緊急時のみ。日常的な通院でも年間で計算すると数千円〜数万円になります。
転職時の確定申告で見落としがちなポイント
退職金の特別控除
退職金は退職所得控除＋1/2課税で税金が大幅に軽減されます。会社で源泉徴収されてれば追加申告不要ですが、計算ミスがある場合は確定申告で取り戻せます。
僕もC薬局を2ヶ月で退職した経験があるので、ここの判断の難しさはよく分かります。短期離職は履歴書に残るけど、合わない場所に居続けるほうがダメージは大きいです。
年の途中での退職と再就職
退職→再就職した年は、前職の源泉徴収票を新しい職場に提出して年末調整に組み込みます。提出を忘れた場合は確定申告で精算可能。
周囲の薬剤師に聞いても、退職判断は早めにつけた人のほうが結果的にうまくいっているケースが多い印象です。
退職後の失業期間がある場合
退職→再就職までに空白期間があると、年末調整が完結しないので確定申告が必要。失業保険は非課税ですが、再就職手当などは収入扱いになります。
僕もC薬局を2ヶ月で退職した経験があるので、ここの判断の難しさはよく分かります。短期離職は履歴書に残るけど、合わない場所に居続けるほうがダメージは大きいです。
確定申告のやり方：薬剤師向けの最短ルート
①国税庁の確定申告作成コーナー
国税庁の公式サイト「確定申告書等作成コーナー」が無料で使いやすいです。源泉徴収票・各種控除証明書を手元に置いて、画面の指示通りに入力するだけ。1〜2時間で完了。
②e-Taxで電子申告：5000円控除
マイナンバーカード＋ICカードリーダーがあれば、e-Taxで電子申告可能。電子申告すると青色申告特別控除が10万円から65万円にアップ（青色申告者のみ）。会社員でもe-Taxの方が便利。
③税理士に頼む選択肢
副業収入が複雑な場合・株や仮想通貨の取引が多い場合は税理士に頼む選択肢も。費用は2〜5万円。自分でやる時間と労力をお金で買う感覚。
薬剤師の節税で年20万円浮かす実例（たろうの場合）
- iDeCo拠出：年27.6万円→節税効果約5.5万円
- ふるさと納税：年6万→手取り増約1.8万
- 医療費控除：家族年15万→還付約3万
- 配偶者控除＋扶養控除：年5万円程度
- 住宅ローン控除（10年目）：年20万円程度
全部合わせて年30万円超の節税効果。10年で300万円の差です。知らないと損するレベル。
年収UPで節税の幅は広がる
iDeCoもふるさと納税も、年収が高いほど節税効果が大きいです。年収を上げること自体が、節税の幅を広げることに直結します。
僕は3回目の転職（エージェント経由）で480→610万に年収UP。節税効果も年収UPと連動して増えました。年収交渉のコツは年収交渉に書いてます。
薬剤師の確定申告に関するよくある質問
Q. 確定申告の期間は?
毎年2月16日〜3月15日（土日祝で前後）。期限を過ぎると延滞税がつくので注意。還付申告は5年遡って可能。
Q. 年末調整と確定申告は両方必要?
会社員の基本は年末調整で完結。住宅ローン控除1年目・医療費控除・副業収入などがあれば確定申告を追加。両方必要なケースもあります。
Q. iDeCoとつみたてNISAどっちが優先?
節税効果ならiDeCo（拠出時控除＋運用益非課税）。流動性ならつみたてNISA（いつでも引き出せる）。両方併用が最強。年収500万以上なら両方やる価値あり。
Q. 副業バレを防ぐ確定申告のやり方は?
副業の住民税を「自分で納付」（普通徴収）に変えると、会社に副業がバレにくくなります。確定申告書の住民税欄でチェックすればOK。ただし管理薬剤師の副業は法律的制約があるので注意（管理薬剤師の副業参照）。
薬剤師の確定申告・節税でよく聞かれる10の疑問
- 会社員の薬剤師でも確定申告したほうがいいの？
多くの人はやったほうが得します。医療費控除・住宅ローン1年目・ふるさと納税6自治体以上・副業20万超のどれかに当てはまるなら、お金が戻ってくる可能性が高いです。普段は年末調整で完結する人でも、この4つは要チェックです。
- 確定申告すると、いくらくらい戻ってくる？
ケースによります。医療費控除なら数千〜数万円、住宅ローン控除1年目なら20〜40万円戻る人もいます。僕は全部の控除を合わせて年20〜30万円くらいの節税効果が出てる感覚です。金額が大きいのは住宅ローン控除とiDeCoですね。
- 確定申告の期間はいつからいつまで？
毎年2月16日〜3月15日が基本です（土日祝で前後します）。ただ還付目的の申告なら、その年の翌年1月から5年遡って出せるので、3月を過ぎても焦らなくて大丈夫です。
- 確定申告って難しそう…初めてでもできる？
思ってるより簡単です。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば、源泉徴収票と控除証明書を見ながら画面の指示に答えるだけ。僕も最初は身構えてましたが、1〜2時間で終わりました。
- iDeCoとつみたてNISA、どっちを先にやるべき？
節税だけ見るならiDeCoです。拠出額がまるごと所得控除になるので。ただ60歳まで引き出せないので、急にお金が必要になりそうな人はつみたてNISAから始めるほうが無難かも。余裕があるなら両方やるのが一番強いです。
- ふるさと納税の上限額って、どう計算するの？
年収と家族構成でだいたい決まります。年収600万の独身なら上限7万円前後が目安。各ポータルサイトのシミュレーターに源泉徴収票の数字を入れれば出るので、寄付前に必ず確認しておくのが安心です。
- 医療費控除は10万円超えないと使えない？
家族の医療費は合算できるので、本人だけだと届かなくても世帯でまとめると超えることが多いです。あと所得が一定以下なら10万円未満でも対象になる場合があります。通院の電車・バス代も入れられるので、思ったより集まりますよ。
- 年の途中で転職した年は何に気をつければいい？
前職の源泉徴収票を新しい職場に出して年末調整に入れてもらうのが基本です。出し忘れたり、退職から再就職まで空白期間があったりすると年末調整が完結しないので、その場合は確定申告で精算します。払いすぎた税金が戻ることが多いです。
- 副業がバレずに確定申告する方法はある？
住民税を「自分で納付（普通徴収）」に切り替えると、会社にバレにくくなります。確定申告書の住民税の欄でチェックを入れるだけ。ただ管理薬剤師は副業そのものに法律上の制約があるので、そこは先に確認しておいてください。
- 税理士に頼んだほうがいい人ってどんな人？
株や仮想通貨の取引が多い人、副業の収入や経費が複雑な人は頼む価値ありです。費用は2〜5万円くらい。逆に控除を足すだけのシンプルな申告なら、自分でやったほうが早くて安く済みます。
まとめ：節税は薬剤師の年収UPと同じくらい大事
年収を50万上げる転職と、節税で年20万浮かすのは、手取りベースで同じくらいのインパクト。節税はノーリスクで使える「実質昇給」です。
iDeCo・ふるさと納税・医療費控除、この3つは薬剤師なら全員やっていいレベル。確定申告も国税庁サイトを使えば1〜2時間で完了する作業です。
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節税で年20万浮かすのと、年収を上げて手取りを増やすのは方向が違うだけで、目指すゴールは同じ「手元に残るお金を増やす」こと。どの会社を使うか迷ってる人は、僕が5社使って一番よかったところを率直に並べた5社使った僕の転職エージェントランキングも覗いてみてください。合う合わないの正直な感想も書いてます。
